成就
魚類分類學
魚類生態及保育
魚類演化
魚類資料庫
曾擔任海大海生所創所所長，中研院動物所所長，及負責規劃成立中研院生物多樣性研究中心，也擔任過國科會生物處動物學門召集人，及政府各部會生物多樣性委員會工作小組之委員，協助規劃及督導行政院生物多樣性推動方案之執行。在生物多樣性學術研究發展上亦有貢獻。
負責籌辦之國內外研討會甚多，如2005年5月的「第七屆印度太平洋魚類會議」，共吸引400多位國外學者出席；2007年9月籌辦「第二屆生命條碼國際會議及第一屆東亞地區區域性會議」，有250位國外學者出席；2009年11月舉辦「西太平洋海洋生物瀕危物種評估及紅皮書研討會」等大型國際會議，均能圓滿成功，甚獲國際學界之好評，不但拓展了國內年青學子之視野，也促進了不少國內外學術交流與合作的機會。在國內亦常為配合政府之施政或解决政策推動之困難，主辦過一些两岸及國內之研討會或座談會，包括海峽兩岸學術名詞對照研討會、外來入侵生物管理、人工魚礁規劃及爭議、海洋保護區劃設及落實管理、生態分布資料庫整合等等。
擔任國際學術團體之執行委員或執行秘書，實際推動國際學術交流及合作。包括國際生物科學聯盟（IUBS）（1994--2009）；國際多樣性科學計畫（DIVERSITAS）（1999.9--迄今）；國際科學技術與資料委員會（CODATA）（1991-2001;2004--2008）；全球物種名錄（Species 2000）委員會委員（2003.4—2005.4）；全球物種名錄亞太委員會（Species 2000 AO）委員（2001.2--）及主席（2003.10—2005.10）；國際自然保育聯盟（IUCN）物種存活委員會（Species Survival Commission）委員（2001.2--）；IUCN保護區委員會（World Commission of Protected Areas）委員（2001.8--）；國際生命條碼联盟 (Consortium Barcode of Life) 之執行委員 (2008-2012) ；及全球生物多樣性資訊機構(Global Biodiversity Information Facility, GBIF) 中華民國委員會執行秘書 (2008--迄今)等。對推動台灣生物多樣性或自然保育積極爭取參與國際組織及其活動，彰顯我國在這方面努力的成果，以及維護我國的權益等。
擔任行政院永續會委員(2009-2013)、永續會生物多樣性工作小組委員、行政院海洋事務推動委員會委員、農委會野生動物保育諮詢委員會委員、環保署環評委員、公害糾紛裁決委員會委員，協助修訂環保署海洋生態監測與評估之技術規範；漁業署諮詢委員推動永續漁業；教育部海生館及海科館籌建委員、國編館學術名詞審議委員，負責生態、生物多樣性及海洋生物等學科名詞審定及两岸對照之工作。
負責推動及整合國家生物多樣性之資料庫及資訊網，完成專家及物種名錄（TaiBNET），及國家入口網站（TaiBIF）之建置，整合全國分類學家完成出版首部官方之《2008台灣物種多樣性研究現况》及《2008台灣物種名錄》之專書與光碟，並逐年更新。代表國家參與GBIF全球生物多樣性資訊機構各項會議及活動，並推動成立GBIF中華民國委員會，負責全國生物多樣性資料之整合，讓過去二、三十年來始終無法整合資料的問題終能有所突破。亦擔任數位典藏國家型計畫共同主持人（2002.1--2006.12）及第二期計劃分項三「國際合作」，子二計畫「國家文化入口網」計畫主持人(2007--)，建置「數位台灣--文化與自然」國際入口網(http://culture.ndap.org.tw) ，將台灣豐富多樣的文化與生物以英文介紹給國外人士；擔任數典計畫工作小組委員及「動植物組主題工作組」及「生物與自然主題工作組」召集人。
推動「台灣生物誌」之編撰及負責數位版生物誌上網公開，台灣生物生態分布資料之整合及上網，生態工法資訊網之建立及整合；全台各大博物館生物標本之典藏數位化及整合；台灣野生動物冷凍遺傳物質典藏及資料庫建立等等。
領導並協助NGO推動生物多樣性之科學教育及保育宣導活動，包括擔任過中華民國自然生態攝影學會、中國生物學會理事長，中華民國魚類學會，及中華鯨豚學會之理事長等，及其他許多與自然保育相關學會之理事或常務理事。
協助政府規劃及推動漁業資源之永續經營，包括規劃及調查評估人工魚礁之成效，海洋保護區之劃設及管理，近沿海漁業及底拖漁業之管理；水產品輸入審核與管理；漁業及海洋生物多樣性分布資料庫之建置及整合；及以生態系為取向之漁業管理等等，促使台灣之漁業政策及環保政策可以邁向永續利用的方向。2002年在「IUCN-WCPA東亞區域委員會第四屆大會」中主辦海洋保護區部份，作成東沙宣言，促成東沙成功地劃設為海洋國家公園。
於海洋保育的教育宣導方面，1997-2000年間每年主辦一屆「台灣海洋環境大會」，出版專書，開國內海洋保育觀念之先。此外亦常應邀提供甚多之環境教育、通俗演講及通識課程，每年至少50場以上，也撰寫及出版過甚多之通俗文稿、專書、圖鑑、光碟及網路資料庫等，積極宣導海洋生態保育及漁業永續利用之觀念，使台灣的漁業經濟得以永續發展。如出版過《海洋生態學》之教科書；《海洋生物漫談》；《藍色運動 - 尋回台灣的海洋生物》；《同意輸入野生動物水產物種圖鑑》等。曾獲教育部三等教育文化獎章(1998)。並曾協助國科會科學週「2003水水台灣」之規劃，及「2006年科學季-多樣性台灣」特展之內容規劃及統籌工作等。近年來並致力協助政府規劃並推動海洋保護區之劃設與管理，2009年底購買《魚線的盡頭》(The End of the Line) 版權之海洋保育影片，並予推廣，獲得各界廣大的迴響。已成為這兩年來海洋教育最受歡迎的影片。2012年初印製《台灣的海鮮選擇指南》摺頁及上網供下載，推廣消費者後自身作起，以買對魚、吃對魚的行動來支持海洋保育工作。
擔任重要期刊之編輯委員或審查人(Zoological Studies,Botanical Studies,Biodiversiyu and Conservation,生物多樣性,自然保育季刊,Aquaculture,Platax,水產研究,Estuaries,台灣林業科學,Journal of Marine Science & Technology,台灣水產學會會刊,生物科學,Acta Zoologica Taiwanica)
擔任國內公私營機構委託之工作（如參與重要事務之審查、評鑑等）
1980年8月教育部海洋生態學門公費留學獎學金，赴美進修，於1983年底學成回國服務
現任國際學術團體之執行委員或理事長，推動國際學術交流及合作
獎項
1980年8月教育部海洋生態學門公費留學獎學金，赴美進修，於1983年底學成回國服務。
中華民國第廿九屆十大傑出青年(1991)。
中國生物學會傑出研究獎(1994)
國科會傑出研究獎 (1994-1995)
侯金堆學術研究傑出獎—環境學術類(2006)
第32屆十大傑出農業專家(2008)
民國100年林業及自然保育有功人士(2011)
2011年國科會補助大專校院獎勵特殊優秀人才
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