1. 鯊魚漁獲種類及數量的掌握
針對全台漁獲鯊魚種類及數量（初步在掌握沿近海域所漁獲者）進行掌握，資料的掌握必須落實至「種」的階層，以利日後進行更深入的資源評估。
2. 鯨鯊（鯊魚）漁業生物學及生態學資料的蒐集及研究
進行國際間所關注的鯊魚種類的漁業生物學相關訊息的蒐集及研究，透過標識放流進行鯨鯊及其他國際間關注的軟骨魚類種類的洄游行為研究。
3. 鯨鯊（鯊魚）生態旅遊評估
累積長期的鯨鯊洄游路徑訊息，配合全台漁獲鯨鯊的分佈資料，評估台灣周邊海域是否有鯨鯊出沒的熱區或熱點？再從該區之社會及經濟結構評估發展成鯨鯊生態旅遊的可行性。
4. 國際交流與兩岸合作
透過中心加強國際合作，邀請國內外研究鯨鯊的學者及學生到台灣做研究，並且共同發表學術研究成果；此外，舉行國際會議，並持續收集鯨鯊肌肉組織以進行後續DNA研究，以及建立鯨鯊影像資料庫，和國外之資料庫進行交流比對。
5. 公眾教育及保育宣導
廣泛且持續對大眾及學校進行鯊魚科學及保育教育宣導工作，基於過去幾年鯊魚展的經驗，希望有常設性對海洋資源永續及鯊魚保育之宣導。
